В 2011 годугруппа сталкеров подобралась очень близко к центру Зоны. В результатеслучился сильнейший Выброс, который полностью изменил Зону. Там, гдеранее были безопасные территории, появлялись аномалии, в результатечего целые отряды сталкеров оказывались запертыми среди них и погибали.Вместе с тем от аномалий освобождаются территории, о которых ранееничего не было известно. В результате разгорается вражда междугруппировками за новые территории, поля артефактов и сферы влияния.Начинается война группировок. Однако Зона остаётся такой женестабильной, её часто сотрясают выбросы. Эти и последующие событияописывает данная игра.

Главным героем является наёмник по имени Шрам. Он вёл по Зоне(локация «Болота») группу учёных, когда произошёл Большой Выброс. Всечлены группы погибли, однако наёмник выжил. Он был найден на даннойлокации сталкерами группировки «Чистое небо» — секретной группировки,которая изучала Зону и причины её появления. Сталкеры доставили телоШрама на базу группировки, где он пришёл в себя.

Группировка «Чистое Небо»

Поговорив с Лебедевым, лидером группировки «Чистое небо», а также сбарменом, и узнав, что случилось, он по приказу Лебедева отправился кгруппе сталкеров «Чистого неба», находившейся среди болот, чтобы помочьим отбиться от мутантов. Там он вновь попал под выброс. Когда Шрампришёл в сознание, он находился на базе «Чистого неба». От Лебедева онполучил информацию, что вновь выжил после выброса. Шрам ознакомился ссуждением Лебедева и профессора Каланчи о том, что Шрам получилнеобычные способности. Как говорил Лебедев, функции организма Шрамасловно что-то подстёгивает, показатели приборов зашкаливают. Однакопосле каждого выброса нервная система наёмника ослабевает, что в концеконцов может привести к смерти. Лебедев поведал Шраму о целях своейгруппировки — узнать причину Выбросов и прекратить их. Возможнаяпричина этих выбросов в том, что кто-то пробрался через Выжигательмозгов, туда, где никто не был за время существования Зоны. Частыевыбросы могли расшатать Зону, после чего могла случиться катастрофа.Основная цель «Чистого неба» — предотвратить эту катастрофу.

Шрам согласился помочь «Чистому небу» найти доказательства к этому.Лебедев рассказал ему, что на днях у Сидоровича, торговца на локацииКордон, какой-то сталкер интересовался странными деталями. Наёмник,расчистив путь через Болота от врагов «Чистого неба» отрядовгруппировки «Ренегаты», отправился на Кордон.

Погоня за Клыком

Когда Шрам прибыл к Сидоровичу, наёмнику пришлось помочь торговцу ввозврате кейса с хабаром, который был срочно нужен Сидоровичу. Послетого, как Шрам выполнил это задание, Сидорович рассказал наёмнику отом, что у него был сталкер по кличке Клык. Он купил у Сидоровичаламповый усилитель. Поскольку другой техники, которую искал Клык, уСидоровича не оказалось, торговец отправил Клыка к диггерам на Свалку.Узнав это, Шрам отправился на Свалку.

На Свалке по метке Клыка Шрам натолкнулся на труп диггера. Поаудиозаписи в КПК Шрам узнал, что за Клыком на запад отправилсядиггер-посланник. Шрам нашёл посланника, когда того загнала в угол стаяслепых псов. Оказав помощь диггеру в убийстве стаи псов (или убивдиггера), наёмник узнал, что Клык ушёл в Тёмную долину.

В Тёмной долине из-за частых нападений на базу группировки «Свобода»был объявлен усиленный режим. На блокпосте Шраму подсказали, что онможет получить информацию про Клыка на базе группировки. Когда наёмникприбыл на базу, его позвал к себе комендант по фамилии Щукин. Оносведомил Шрама, что с командиром группировки разговора быть не может,пока база на карантине. Однако, комендант пообещал устроить этотразговор, если наёмник выполнит задание. После того, как наёмникуничтожил пси-собаку в окрестностях локации, комендант отправил его наодин из блокпостов. Придя туда, Шрам увидел, что все сталкеры мертвы.По записи в КПК одного из сталкеров все поняли, что комендант передавалврагам всю информацию о передвижениях свободовцев. Шрам принёс КПКЧехову, командиру свободовцев. Наёмник узнал, что Клык был у Чехова итакже искал какую-то техническую деталь. Однако остальную информациюЧехов открыл лишь после того, как Шрам нашёл Щукина, принёс его КПКЧехову, а тот понял, что комендант передавал сведения о «Свободе»наёмникам, которые выполняли чей-то контракт. Чехов рассказал Шраму отом, что продал Клыку деталь, которую тот искал, и заинтересовался,зачем Клыку эта деталь. Техник группировки сохранил частоту КПК Клыка,и по ней Шрам узнал, что Клык отправился на Свалку.

Цель Стрелка

На Свалке по КПК Клыка Шрам попал в подвал. Там его оглушилибандиты, забрали всё снаряжение, деньги и сбежали. Очнувшись, Шрамнашёл КПК Клыка в подвале, и по нему всё стало ясно — Лебедев был правнасчёт того, что кто-то пробрался через Выжигатель. В КПК была запись отом, что группа, в которой был Клык, догадалась, что об их походе кцентру Зоны узнали. Как говорилось в записи, подробный план ихдальнейших действий находился в тайнике, координаты которогоприсутствовали в КПК. Тайник находился в подземельях НИИ Агропрома.Шрам направился туда.

В подземельях Шрам нашёл этот тайник. Из аудиозаписи КПК в тайникеШрам узнал, что к центру Зоны пробрались сталкеры Стрелок, Клык иПризрак. Они готовят второй поход к центру Зоны, что, по словамЛебедева, приведёт ко второму Сверхвыбросу, гораздо более сильному, чемпервый. Стрелок направился на Янтарь к Сахарову за устройством, котороесохранит разум членов группы в целости и сохранности.

На Янтаре Сахаров рассказал Шраму о том, что Стрелок заключил сучёными сделку — якобы хотел помочь в испытании блокираторапси-излучения. Учёные дали ему экспериментальный прототип, и Стрелокотправился на заводскую территорию Янтаря. Однако он оттуда невернулся, и сигнал, получаемый учёными от блокиратора, был потерян.Сахаров, узнав намерения Шрама догнать Стрелка, рассказал ему, что естьвозможность стабилизировать уровень пси-излучения настолько, чтобыможно было находиться на территории комплекса. Шрам узнал, что недавногруппа сталкеров нашла на заводской территории какую-то техническуюдокументацию, но вернуться не смогли по причине выброса. Шрамотправился за документами и принёс их Сахарову. По ним Сахаровокончательно понял, что стабилизировать уровень пси-излучения возможно.

Погоня за Стрелком

По указанию Сахарова Шрам отправился к отряду сталкеров подруководством Левши. Цель отряда — перезапуск системы охлаждения, повине которой пси-излучение нестабильно. Отряду удаётся совершитьперезапуск системы. Сахаров передаёт Шраму сообщение, что Стрелокнаходится совсем близко к наёмнику. Шрам в погоне за Стрелком попадаетв Рыжий лес.

Там Шрама встречает засада. За время перестрелки Стрелок убегает втоннель, который подрывает за собой. Со Шрамом связывается Лебедев иупоминает, что единственная возможность теперь догнать Стрелка — пройтив Лиманск. Однако путь в Лиманск проходит через реку, мост черезкоторую контролируется на противоположном берегу бандитами. Лебедевдаёт поручение Шраму отправиться к сталкеру по имени Лесник, которыйможет знать способ пройти в Лиманск.

Лесник рассказал Шраму, что иногда к нему на КПК поступают просьбысталкеров о помощи из Лиманска. Но сигнал слишком слабый. Лесниксоветует Шраму выйти на Военные склады, где сигнал должен быть лучше.На Военных складах Шрам принимает сообщение наёмников, угодивших ваномалию, из которой не могут выбраться. Возвратившись к Леснику ипредоставив ему координаты наёмников, Шрам узнал подробнее об этойаномалии под названием Пузырь. Лесник рассказал, как сам однажды в неёпопал, однако там же нашёл артефакт, который вывел его из этойаномалии. После небольшого задания для Шрама Лесник пообещал, чтоподумает над тем, как вывести наёмников из аномалии, и предложил Шрамуотправиться на Военные склады, где есть радиопередатчик, с помощьюкоторого наёмникам можно будет ответить. Шрам раздобыл и захватилпередатчик, и при помощи инструкций Лесника отряд наёмников успешновыбрался из аномалии и стал продвигаться к мосту, захваченномубандитами.

Когда Шрам прибыл к мосту, отряд Чистого неба уже находился там.Наёмники, тоже прибывшие к мосту, на противоположном берегу пыталисьопустить мост. В итоге мост был опущен и отряд бандитов побеждён.

Передовая группа Чистого неба вместе со Шрамом отправилась черезЛиманск. Затем, преодолевая препятствия и заслоны группировки Монолит ивоенных, сталкерам удалось пробраться через Лиманск. На пути к центруЗоны пролегал заброшенный госпиталь, где сталкеров встретилиМонолитовцы. Также Шраму пришлось ликвидировать вертолёт военных. Такимобразом, наёмник попадает на ЧАЭС, где встречается с Лебедевым.

Окончание

Петренко (боец «Чистого неба») передаёт Лебедеву частоту Стрелка,который находится уже совсем рядом, и тот подтверждает её. Однаковокруг Стрелка защитное поле. Шраму дают электромагнитную пушку, чтобыон разбил защитное поле Стрелка, с чем наёмник успешно справляется.

Однако затем все приборы сталкеров начинают зашкаливать и тутслучается Выброс. Далее все сталкеры, в том числе Стрелок и Шрам,показаны безвольно лежащими в помещении перед специальными мониторами.Есть версия, что эти мониторы зомбируют сталкеров.

В результате второго Сверхвыброса география Зоны перешла в то состояние, которое можно видеть в «Тени Чернобыля».Монолитовцам, по неизвестным причинам, не удалось распознать средизахваченных сталкеров Стрелка. В результате «промывки мозгов» он теряетпамять и становится одним из агентов «О-Сознания» с заданием «УбитьСтрелка». С этой целью весной 2012 года его отправляют из ЧАЭС к окраине Зоны на «грузовике смерти», с чего и начинается сюжет игры «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля».