Действие происходит в альтернативной реальности, где 12 апреля 2008 года (тут есть противоречие — в самой игре приведена дата 12 апреля 2008, а на официальном сайте — 12 апреля 2006 года, хотя в игре «Зов Припяти» указана дата 10 июня 2006 года) в 14:33 произошёл второй взрыв на территории печально известной Чернобыльской атомной электростанции.Этот взрыв ознаменовал появление так называемой «Зоны», места, внутрикоторого появляются разнообразные аномальные явления, например,разнонаправленные гравитационные потоки силой более 100g. Сама история второго взрыва на бывшей ЧАЭС окутана мраком, и, желая расследовать эту ситуацию, правительство Украины посылает в Чернобыль войска. Однако их действия на территории Зоны заканчиваются провалом.

В связи с провалом экспериментов, территория Зоны была ограждена, на главных точках подхода были построены блокпосты. Зона стала крайне охраняемым объектом.

Спустя некоторое время, с территории Зоны начинает приходить информация о мутировавших животных, о продуктах аномалий — так называемых артефактах, которые в прошлом являлись какими-либо привычнымипредметами. Попадая в аномалию, предметы приобретают уникальныесвойства, например, если человек или животное попадают в аномалию«Карусель», из их тел могут получиться артефакты «Кровь Камня», «ЛомотьМяса» или «Душа».

Многие сорвиголовы, желая быстро заработать, начали проникать натерриторию Зоны, дабы добыть ценный артефакт и продать его учёным.

Спустя год на территории Зоны появились люди, на руках которых были татуировки в виде аббревиатуры«S.T.A.L.K.E.R.». Такую татуировку наносили в группе О-Сознание тем,кого они использовали в качестве своих невольных агентов. Как правило,это были люди, выполнявшие какое-либо задание для О-Сознания,внедренное им в подсознание. Данная группа породила среди человеческихобитателей Зоны легенду об «Исполнителе Желаний». Группа верила вколлективное сознание и работала над способом общения с ноосферой — информационной оболочкой Земли.

Действие игры

События игры начинаются в 2012 году. Главный герой — чудом уцелевшийсталкер из «грузовика смерти», которые используются для вывоза изцентра Зоны тел погибших сталкеров и доставки, под таким прикрытием,агентов О-Сознания внутрь Зоны; такой грузовик обладает радиационным фоном,во много раз превышающим нормальные условия жизнедеятельности человека.Память главного героя стерта, а единственная зацепка — запись в КПК:«Убить Стрелка». Один из сталкеров находит главного героя и приноситего — первого найденного живым человека из «грузовика смерти» — кторговцу Сидоровичу. Тот вылечивает героя и, не намереваясь пособственным словам «играть в благородство», заставляет работать на себя.

Концовки

В игре существуют семь концовок. Достижение той или иной концовкиопределяется выбором и выполнением (либо невыполнением) различныхзаданий, а также некоторыми показателями игрока (количество денег,рейтинг-репутация).

Концовки с участием «Монолита» (т. н. «ложные» концовки):

1. «Власть» — хочет иметь власть над всем, и его душа уходит в монолит. Условие: убить лидеров группировок «Свобода» и «Долг» Лукаша и генерала Воронина.
2. «Богатство» — с крыши сыплются гайки (сталкер, обманутый Монолитом, видит, как с неба сыпятся золотые монеты), а потом рушится крыша (сталкер этого уже не видит). В результате герой остаётся под завалом обломков крыши. Условие: игрок накопил много денег, больше 50 тысяч рублей, при этом лидеры группировок живы.
3. «Апокалипсис» — загадывает, чтобы человечество исчезло, так как само этого заслужило. Исчезает в темноте после серии галлюцинаций. Условие: очень низкая репутация — меньше 1000 (много убитых сталкеров), денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
4. «Чтобы зона исчезла» — загадывает, чтобы зона исчезла — показывают цветущий окружающий мир, но это иллюзия, герой слепнет. Условие: хорошая репутация, убить много монстров, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.
5. «Бессмертие» — превращается в замороженную статую. Условие: Много аптечек, бинтов и артефактов на увеличение здоровья, денег меньше 50 тысяч рублей, лидеры группировок живы.

Концовки с участием «О-сознания» (т. н. «правильные» концовки):

1. «Присоединение к группе „О-сознание"» — присоединяется к группе «О-сознание» (создатели Зоны) и ложится в автоклав. Потом идёт небольшое видео с Доктором. Условие: согласиться присоединиться к группе «О-сознание».
2. «Мир на земле» — Истинная концовка. Появляется возможностьпройти дополнительный уровень, состоящий из цепочки участков на крышахстроений у саркофага ЧАЭС, на которые главный герой попадает с помощьютелепортов. По завершении пути, попадает в помещение, где расстреливаетавтоклавы, в которых находятся те, кто присоединился к группе«О-сознание», после чего обретает покой. Условие: дойти до самого конца игры, отказавшись от присоединения к «О-сознанию».